а. Общие свойства
Нуклеазы позволяют специфическим образом модифицировать молекулы ДНК и РНК. Каждый фермент может быть отнесен к тому или иному классу в соответствии с его специфичностью или типом реакции, которую он катализирует. Так, ряд ферментов, подобно рестриктирующим эндонуклеазам, действует только на ДНК. Другие, подобно панкреатической РНКазе, гидролизуют только РНК. Есть ферменты, которые используют в качестве субстратов как ДНК, так и РНК. Одни нуклеазы предпочтительно действуют либо на двухцепочечные, либо на одноцепочечные полинуклеотидные субстраты, другие не проявляют такой выраженной предпочтительности.
Нуклеазы можно также разделить на две следующие категории: экзонуклеазы и
эндонуклеазы.
Большинство ферментов упоминаются в тексте этой книги. Нуклеазы, отмеченные звездочкой, используются как рутинные реактивы в экспериментах по получению рекомбинантных молекул ДНК и поэтому рассматриваются более детально.
б. Нуклеазы, специфичные в отношении одноцепочечной ДНК
Эндонуклеазы. Некоторые эндонуклеазы гидролизуют одноцепочечные молекулы ДНК примерно в тысячу раз быстрее, чем двухцепочечные. Такая специфичность используется во многих экспериментах – при конструировании рекомбинантных ДНК, при гетеродуплексном анализе и даже при анализе экспрессии генов. Некоторые реакции, катализируемые подобными эндонуклеазами.
Несколько разных эндонуклеаз такого типа были достаточно хорошо очищены и охарактеризованы, чтобы их можно было использовать в качестве реактивов. Одна из них, нуклеаза S1, получена из высушенных препаратов плесневого гриба Aspergillus oryzae; источниками двух других широко используемых ферментов являются Neurospora и Mung beans. Каждый из этих трех ферментов проявляет максимальную активность и точность распознавания одноцепочечных и двухцепочечных молекул при определенных условиях. Все три фермента гидролизуют как ДНК, так и РНК. При разрыве фосфодиэфирных связей с помощью этих ферментов образуются 5'-монофосфатные и З'-гидроксильные концы.
Экзонуклеазы. Экзонуклеаза E. coli exo VII специфична в отношении одноцепочечных ДНК. Она обладает необычной экзонуклеазной активностью в том смысле, что инициирует отщепление как с 5'-, так и с З'-концов цепи, в то время как наиболее известные экзонуклеазы специфичны к какому-то одному концу. Продуктами гидролиза отдельных цепей экзонуклеазой ехо VII являются олигонуклеотиды длиной примерно 25 мономерных единиц, которые содержат 5'-фосфомоноэфирные концевые группы.
в. Нуклеаза Bal 31
Псевдомонада Alteromonas espejiana секретирует единственную дезоксирибонуклеазу, получившую название Bal 31. В отношении одноцепочечной ДНК, в том числе одноцепочечных участков двухцепочечной ДНК, Bal 31 ведет себя как эндонуклеаза, действуя аналогично другим эндонуклеазам, специфичным к одноцепочечным ДНК. Однако в отношении интактной двухцепочечной ДНК этот фермент проявляет экзонуклеазную активность, по-видимому, благодаря тому, что он способен распознавать локальные одноцепочечные участки. Bal 31 разрезает обе цепи на обоих концах дуплекса, т.е. осуществляет деградацию одновременно в направлениях 3' – >5' и 5'–>3'. В результате двухцепочечная молекула постепенно укорачивается. Если эмпирически оценить скорость этого процесса, то с помощью фермента Bal 31 можно получать фрагменты ДНК нужной длины. Хотя укорочение разных молекул ДНК происходит несинхронно, получается набор фрагментов, длина которых близка к заданной. В результате исчерпывающего гидролиза с помощью Bal 31 промежуточные олигонуклеотидные продукты расщепляются до 5'-мононуклеотидов.
Статьи и публикации:
Основные параметры и характеристики
Технические характеристики установки "Импульс-1" приведены ниже.
Длина волны излучения, мкм
1.06
Энергия в импульсе выходного излучения, кДж:
максимальная
1
минимальная
0.5
Длительность импульс ...
Яблонная
плодожорка
Яблонная плодожорка (Carpocapsa pomonella L.) — маленькая бабочка из семейства листоверток (Tortricidae).
Обнаружить в яблоневом саду взрослую плодожорку удается сравнительно редко, так как бабочка живет недолго (около двух недель) и, бл ...
Сигналы нервных клеток
Для анализа событий во внешнем мире или внутри нашего тела, для передачи информации от клетки к клетке нейроны используют электрические и химические сигналы. Расстояние передачи сигнала может быть большим: от кончиков пальцев на ногах до ...