Набор фрагментов, получающихся при расщеплении ДНК определенной рестриктирующей эндонуклеазой, является своеобразным «отпечатком пальцев» этой ДНК. Определяя, какие фрагменты образуются при расщеплении ДНК несколькими рестриктазами по отдельности и в разных комбинациях, часто удается установить порядок расположения сегментов в исходной молекуле, т.е. построить физическую карту ДНК, где указано положение каждого сегмента. Сложные геномы или большие молекулы ДНК дают при обработке рестриктирующими эндонуклеазами сложные наборы фрагментов, и для их анализа используют специальные компьютерные программы.
д. Защита ДНК посредством метилирования
Родственные метилазы. Геномы бактерий, кодирующие рестриктирующие эндонуклеазы, защищены от самодеградации с помощью специфических систем модификации. Метилазы, осуществляющие специфическую модификацию, узнают те же нуклеорестрикции в ДНК проявляют устойчивость к действию определенных эндонуклеаз. Например, в ДНК позвоночных часто встречаются динуклеотиды 5'-meCG‑3'. Если сайт рестрикции эндонуклеазы Hpa II содержит такой метилированный динуклеотид, то фермент не может разрезать ДНК в этом месте. Этот факт используется для определения в сложных геномах состояния метилирования таких динуклеотидов 5'-CG‑3', которые находятся в сайтах узнавания Hpa II. Несмотря на неспособность эндонуклеазы Hpa II разрезать динуклеотид 5'-CmeCGG‑3', ее изошизомер, эндонуклеаза Msp I, осуществляет такое разрезание. Сравнивая чувствительность фрагментов ДНК к двум указанным ферментам, можно локализовать метилированный цитозин на карте. Подобным же образом часто встречающуюся в ДНК растений последовательность 5'-СmеСTAGG‑3' можно отличить от неметилированной формы, 5'-СС‑3', если сравнить продукты, получающиеся при расщеплении ДНК с помощью изо-шизомеров Bst NI и Eco RII.
Независимые метилазы E. coli. При включении фрагментов эукариотической ДНК в бактериальные векторы и их репликации в клетках Е. coli или других прокариот характерный для них тип метилирования утрачивается и они метилируются способом, специфичным для новой клетки-хозяина. Например, в клетках Е. coli динуклеотиды 5'-CG‑3' не метилируются, и в результате сайты, ранее защищенные от действия эндонуклеазы Hpa II, становятся чувствительными к ней. Однако два обычных фермента E. coli: dam ДНК-метилтрансфераза, которая метилирует остаток А в последовательности 5'-GATC‑3', и dcm ДНК-метилтрансфераза, метилирующая остаток С в последовательности 5'-СС‑3', – образуют новые устойчивые сайты; ни одна из этих метилаз не является частью системы рестрикции-модификации. Кроме того, эукариотическая ДНК, реплицированная в E. coli, становится устойчивой к эндонуклеазам Mbo I и Bcl I благодаря тому, что в пределах их сайтов узнавания находится 6‑метиладенин. Заметим, что тот же самый 6‑метиладенин в сайте 5'-GATC‑3' не мешает работе эндонуклеаз Bam HI, Bgl I или Sau 3А; однако разрезание с помощью Sau 3А блокируется, если метилирован остаток С.
Статьи и публикации:
Общая характеристика интеллектуального поведения
животных
"Развитие научных идей и взглядов совершается диалектически. Противоположные точки зрения на один и тот же предмет сменяют друг друга в процессе развития научного знания, и новая теория часто является не прямым продолжением предшеств ...
Обратимые (цикличные) изменения фитоценозов:
суточные, сезонные. Классификация фитоценозов по продуктивности
В растительном сообществе можно выделить следующие типы изменений (Александрова, 1964): 1) суточные, 2) сезонные, 3) погодичные или разногодичные (флюктуационные), 4) возрастные, 5) изменения, определяемые процессами возобновления, 6) изм ...
Упрощенная модель системы кровообращения
В упрощенной модели системы кровообращения каждая цепь (как малого, так и большого круга кровообращения) имеет одинаковую структуру и состоит из линейных объемных податливостей (СА для артерии и Сv для вены), связанных на периферии через ...